미국 스포츠 전문 사이트 ESPN.com은 23일(한국시각) 2012 시즌을 마지막으로 존스가 은퇴를 선언할 것이라는 것을 애틀란타 구단이 발표했다고 보도했다. 이유는 부상으로 인한 후유증과 많은 나이 때문. 잦은 부상으로 2010년 은퇴를 고려했던 존스는 선수생활을 이어가고자 노력했지만 40세의 나이가 큰 부담으로 작용한 것으로 알려졌다. 존스는 지난 14일 한 현지언론과의 인터뷰에서 은퇴에 관한 얘기를 꺼낸 것에 대해 "농담이었다"며 은퇴론에 대해 조기 진화에 나선 바 있다.
존스는 지난 2년간 양쪽 무릎 수술을 받고 재활하면서도 지난해 126경기에서 2할7푼5리의 타율과 18홈런, 70타점을 기록한 바 있다. 그는 지난 1993년 이후 애틀랜타에서만 19년을 뛰었다. 통산 2387경기에서 3할4리의 타율과 454홈런, 1561타점을 기록하며 '역사상 가장 위대한 스위치 히터 중 하나'로 평가받는 선수다.