가축방역관이 하는 일은 종합적인 방역지도다. 가축방역관은 가축전염병 예방을 위해 가축사육시설(축사, 부화장, 종축장 등), 작업장(도축장, 집유장 등), 창고, 차량 등의 청결 상태를 점검하고, 관계자 면담을 통해 가축전염병 예방을 위한 방안들을 지도한다.
또 가축방역관은 죽거나 병든 가축의 병성감정을 실시, 가축전염병의 발생상황이나 예방주사에 따른 면역형성 여부를 점검한다. 가축거래기록 및 검사증명서를 소유하고 있는지, 적절한 현장 소독이 이루어지고 있는지, 가축전염병에 걸린 가축의 격리 및 해당 시설에 필요한 조치가 이행되었는지 등도 확인한다.
특히 가축방역관은 살처분·소각·매몰 등의 조치를 당한 가축의 보상금까지 평가하는 역할도 맡고 있다.