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또 황우석 사태와 연루된 자신의 과거 행적에 대해 11년 만에 사과했다. 그는 "황우석 박사 사건은 모든 국민에게 실망과 충격을 안겨주었고 과학기술인들에게도 큰 좌절을 느끼게 한 사건이었기 때문에, 청와대에서 과학기술을 총괄한 사람으로서 전적으로 책임을 통감하며 이 자리를 빌려 사죄의 말씀을 드린다"고 말했다.
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박 본부장은 "지난 9년간 기술경쟁력도 많이 떨어졌고, 현장의 연구자들도 많이 실망하고 있다. 구국의 심정으로 최근 우리나라의 과학기술경쟁력을 분석하여 책으로 발간했다"고 주장했다. <스포츠조선닷컴>
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